Más tarde Mireles se enfrascó en problemas con el gobierno, con las mismas autodefensas que fundó y al final, con el triunfo de López Obrador alcanzó el puesto de subdelegado de servicios médicos del Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE) en Michoacán. Sin embargo, a pesar de haber sobrevivido a un accidente aéreo, Mireles no sobrevivió al covid-19.
Hace 21 días que el fundador de las autodefensas fue hospitalizado por complicaciones del coronavirus. La tarde de este 25 de noviembre, el hijo de José Manuel Mireles confirmó la muerte de su padre. José Manuel Mireles tenía 62 años, era originario de Tepalcatepec, Michoacán. Descanse en paz.