Luego de retirarse como futbolista en el pasado 2011, Veljko Paunović comenzó su carrera como director técnico dirigiendo al Chicago Fire de la Mayor League Socce y, recientemente, al Reading Football Club de la segunda división de la Premier League.
Con clubes no llegó a trascender como él esperaba, pero cuando Veljko Paunović dirigió a las selecciones menores de su país, se consagro como campeón en la Copa Mundial de Futbol Sub-20 de 2015, disputada en Nueva Zelanda. Este merito hizo que en aquel año el ahora entrenador de Chivas fuera nombrado como el mejor estratega de Serbia.