La “verdad histórica” señalaba que en el secuestro y asesinato de los jóvenes no hubo participación de autoridades estatales o federales. Sin embargo, la Comisión para la Verdad Ayotzinapa encabezada por Alejandro Encinas concluyó «que autoridades federales, estatales y municipales tuvieron conocimiento de la movilización de los estudiantes desde su salida de la Escuela Normal Isidro Burgos hasta su desaparición, y sus acciones, omisiones y participación permitieron la desaparición y ejecución de los estudiantes, así como el homicidio».
El Ejército tenía un infiltrado entre los 43 de Ayotzinapa, y ni por eso intervino para proteger a los estudiantes. Autoridades municipales, estatales y federales, incluido el Ejército, estaban al tanto del secuestro de los jóvenes y ninguna de estas instancias hicieron nada por rescatarlos.