En el año 2006 Juan José Aguilar fue capturado por trasiego de cocaína de una célula delictiva que, según la Procuraduría General de la República (PGR), fue encabezada por el célebre narcotraficante, Joaquín “El Chapo” Guzmán, quien en ese entonces dirigía al Cartel de Sinaloa. Sin mencionar los narcos colombianos que introdujeron al país en dicha ocasión. En el año 2011 a bordo de un Hawker 800, se le encomendó sustraer de Libia al exfutbolista, Al-Saadi el Gadafi, hijo del dictador libio Muamar Gaddafi, así como a su familia; esto para instalarlos de manera ilegal en México. Sin embargo, luego de conocer el trasfondo del caso, Aguilar Talavera se rehusó a ese trabajo. A este piloto también se le adjudica su participación en otra red de trasiego de droga, en esta ocasión desde África y Sudamérica hasta México; esto durante el sexenio de Vicente Fox. No obstante, no hay registros públicos de la investigación del caso, aun cuando se informó de ello.
Entre acusaciones de traslado de indocumentados, lavado de dinero, traslado de personalidades involucradas en el negocio de las drogas y algunos crímenes más, parece que este capitán de avión tuvo una agenda llena de actividades ilícitas en los aires. Lo cierto es que este hombre no tenía ni la menor idea que el campo de trabajo que por años transitó, y el cual seguramente conocía como la palma de su mano, seria al fin, aquel mismo sitio donde brindaría su último servicio como aviador, terminando con su vida y lamentablemente con algunas más.