Se tienen registrados miles de casos de abuso infantil por parte de sacerdotes en Chile, la gran mayoría no tuvieron castigo. Es por ello que el Papa, el segundo día de su visita, pidió perdón por esos pecados de la Iglesia. Pero eso no contuvo las manifestaciones y la quema de templos que se ha dado durante su visita.
La parte más crítica se ha dado durante su recorrido, después de la visita que hiciera a la primer ministra Michelle Bachellet, y rumbo al Parque O’Higgins, una persona arrojó un periódico que le dio en el rostro. Afortunadamente la situación no pasó a más, sin embargo, el repudio al representante de la iglesia católica en Chile es histórico. Los chilenos no perdonan que la religión se haya puesto del lado del dictador.