Su discurso siempre fue ese: Yo no participé en nada, yo no firmé nada, a mí me quitaron todas las atribuciones administrativas, yo sólo veía pasar el dinero. Juan Antonio siempre se sintió inocente, y hasta el último día lo sostuvo. Para él las acusaciones que se le hacían eran parte de una conspiración mediática que buscaba responsabilizarlo por acciones que él no había cometido.
No obstante, cuando se demostraba que sí había una investigación sobre su actuar en la Secretaría de Salud y después en el DIF Estatal, Nemi Dib, nunca se salió de su papel de inocencia. Su soberbia no le permitía aceptar ninguna responsabilidad. Él no era como sus compañeros de gabinete, él sí había ocultado todas las huellas de su crimen; pero ya vemos que no.