La Auditoría Superior de la Federación (ASF) señaló desde 2019 una deficiente planeación en los trabajos de rehabilitación de la Línea Z del Tren Interoceánico del Istmo de Tehuantepec, tramo que conecta Veracruz y Oaxaca como parte del proyecto prioritario del gobierno federal. En auditorías correspondientes a las Cuentas Públicas de 2019, 2020 y 2023, la ASF detectó que las obras iniciaron sin estudios completos, proyectos terminados ni programas de ejecución adecuados, pese a la complejidad del terreno montañoso con pendientes elevadas, curvaturas pronunciadas y obstáculos naturales.
Esto generó irregularidades como contratos rescindidos, pagos en exceso, uso de materiales de menor calidad (como rieles) y posibles daños al erario por más de 33 millones de pesos. Estas observaciones cobraron relevancia tras el descarrilamiento del 28 de diciembre de 2025 en Nizanda, Oaxaca, que dejó 14 fallecidos y decenas de heridos en el mismo tramo auditado.
La ASF recomendó investigar responsabilidades administrativas en el Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec (FIT) y la Secretaría de Marina, responsable de la obra. Vale mencionar que los miembros de “El Clan”, entre ellos Amílcar Olán, presumían su relación con los miembros de la Marina, encargados del Tren Interoceánico.