En cuanto a la recuperación de la inversión, el gobierno proyectó en 2023 que el proyecto sería rentable en seis años, gracias a su impacto turístico y servicios de carga. No obstante, en su primer año de operación, el Tren Maya reportó pérdidas operativas de 2,561 millones de pesos, generando solo 151 millones en boletos frente a un gasto operativo de 1,470 millones en los primeros cinco meses.
La presidenta Claudia Sheinbaum insiste en que la rentabilidad llegará con la incorporación del servicio de carga y la llegada de más trenes, proyectando un punto de equilibrio para 2030. Sin embargo, la falta de transparencia en los costos, auditorías que señalan gastos sin destino claro y un avance físico incompleto (solo el 55% de la flota operativa) generan escepticismo sobre estas proyecciones.