Pero a los mexicanos les queda claro que al candidato presidencial del PRI lo mandó asesinar Carlos Salinas de Gortari, o al menos el expresidente dio la anuencia para el crimen. Hay dos hipótesis que se han manejado: En primer lugar, Salinas en 1994 era omnipotente, estaba enterado de todo, nada se movía sin que él lo dispusiera. Para muchos resulta difícil de creer que algún funcionario, algún grupo empresarial o grupo del crimen organizado pasara por encima del presidente para asesinar a su candidato; Salinas tendría que saber del complot y debió dar el visto bueno.
La otra hipótesis es que esos grupos que confabularon en contra del candidato presidencial se hubieran dado cuenta que ya no contaba con el apoyo de Salinas y éste, mediante un guiño a José Córdoba Montoya, hubiera dado su anuencia para el asesinato. Como quiera que sea, para los mexicanos queda claro que quien mató a Colosio fue Carlos Salinas de Gortari. Ahora bien, el hecho de que el todopoderoso Salinas no le hubiera brindado completa protección a su candidato, también lo incrimina.